แต่เดิมงานบริการคอมพิวเตอร์เป็นหน่วยงานหนึ่งที่สังกัดอยู่ในกองแผนงาน สำนักงานอธิการบดี ที่มีภาระหน้าที่เพียงให้บริการคอมพิวเตอร์เพื่อการบริหารเท่านั้น ต่อมาได้ขยายการให้บริการด้านการศึกษาให้แก่บุคลากรของมหาวิทยาลัยเพิ่มมากขึ้น มหาวิทยาลัยจึงมีโครงการที่จะแยกงานบริการคอมพิวเตอร์ออกจากกองแผนงานเพื่อนำมาจัดตั้งเป็น สำนักบริการคอมพิวเตอร์ ในช่วงแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ ฉบับที่ 8 (พ.ศ. 2540 – 2544) โดยได้รับความเห็นชอบจากทบวงมหาวิทยาลัย แล้วเมื่อเดือนมกราคม 2539 แต่เมื่อเกิดภาวะวิกฤติทางเศรษฐกิจรัฐบาลจึงได้มีนโยบายให้ชะลอการจัดตั้งหน่วยงานใหม่ ทำให้ โครงการจัดตั้งสำนักบริการคอมพิวเตอร์ถูกเลื่อนการจัดตั้งออกไปอย่างไม่มีกำหนด ทั้ง ๆ ที่ มหาวิทยาลัยได้รับงบประมาณ ให้ก่อสร้างอาคารสำนักบริการคอมพิวเตอร์ สูง 4 ชั้น พื้นที่ 2,284.5 ตารางเมตร และวางระบบเครือข่ายคอมพิวเตอร์ ด้วยเส้นใยแก้วนำแสงพร้อมอุปกรณ์สื่อสารระบบ ATM เชื่อมต่ออาคารหลักในมหาวิทยาลัยจำนวน 8 อาคาร งานบริการคอมพิวเตอร์ จึงได้ทำการเชื่อมต่อระบบอินเตอร์เน็ตกับ NECTEC เพื่อให้บริการแก่บุคลากรในมหาวิทยาลัยด้วยความเร็วขนาด 64 Kbps.

ต่อมาในปี พ.ศ. 2542 ทบวงมหาวิทยาลัยได้จัดตั้งระบบ UNINET ขึ้นมา เพื่อให้บริการด้านการขยายวิทยาเขต สารสนเทศของมหาวิทยาลัยของรัฐ ทำให้มหาวิทยาลัยแม่โจ้สามารถเชื่อมต่ออินเตอร์เน็ตด้วยความเร็ว 512 Kbps. และมีระบบการสอนทางไกลไปยังวิทยาเขตสารสนเทศที่จังหวัดแพร่ทางระบบ UNINET ได้ด้วย ต่อมาในปี พ.ศ. 2543 มหาวิทยาลัยจึงได้ขยายการให้บริการอินเตอร์เน็ตแก่นักศึกษาเพิ่มขึ้นโดยการเช่าเครื่องคอมพิวเตอร์จำนวน 75 เครื่อง และ Server จำนวน 8 เครื่อง พร้อมอุปกรณ์ เพื่อกระจายการให้บริการอินเตอร์เน็ตแก่นักศึกษาไปยังคณะต่าง ๆ และหอพักภายในมหาวิทยาลัย ทำให้งานบริการคอมพิวเตอร์มีภาระงานที่ต้องรับผิดชอบมากขึ้นเป็นลำดับ ดังนั้นมหาวิทยาลัยจึงได้เสนอขออนุมัติ โครงการจัดตั้งศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศ เป็นหน่วยงานภายในมหาวิทยาลัย จากสภามหาวิทยาลัยเมื่อวันที่ 26 สิงหาคม 2543 เพื่อทำหน้าที่ให้บริการด้านสารสนเทศเพื่อการบริหาร สนับสนุนด้านการเรียนการสอน การสืบค้นข้อมูลข่าวสารด้านวิชาการ การพัฒนาค้นคว้าและฝึกอบรมด้านซอฟต์แวร์ และควบคุมดูแลระบบเครือข่ายคอมพิวเตอร์ของมหาวิทยาลัย โดยมีรองศาสตราจารย์ จรัส กาใหญ่ เป็นประธานโครงการฯ

ต่อมาในปี 2544 โครงการฯ ได้รับงบประมาณจำนวน 5.8 ล้านบาทให้ขยายเครือข่ายคอมพิวเตอร์เชื่อมต่อไปยังอาคารต่าง ๆ ในมหาวิทยาลัยเพิ่มอีกจำนวน 12 อาคาร ด้วยระบบ Gigabit ทำให้สามารถให้บริการเครือข่ายคอมพิวเตอร์ได้ทั่วถึงเกือบทุกหน่วยงาน ในมหาวิทยาลัย นอกจากนั้นทางโครงการฯ ยังเช่าเครื่องคอมพิวเตอร์มาให้บริการอินเตอร์เน็ตแก่นักศึกษาเพิ่มขึ้นอีกจำนวน 100 เครื่อง ทำให้สามารถขยายการให้บริการอินเตอร์เน็ตแก่นักศึกษาได้อย่างกว้างขวางมากยิ่งขึ้น

ปัจจุบัน ได้เปลี่ยนชื่อเป็น กองเทคโนโลยีดิจิทัล ในสังกัดสำนักงานมหาวิทยาลัย มหาวิทยาลัยแม่โจ้ ตามประกาศมหาวิทยาลัยแม่โจ้ เรื่องการแบ่งหน่วยงานภายในของส่วนงาน ตั้งแต่วันที่ 21 พฤษภาคม 2562 เป็นต้นมา